Destiné à l’infanterie, puis orienté vers les ordres qu’il quitte finalement pour regagner la Corse en 1789, Lucien se lance avec ferveur dans une double carrière d’homme d’affaires et d’homme politique. Il est élu député au Conseil des Cinq-Cents, puis en devient président en octobre 1799. C’est à cette occasion qu’il joue un rôle déterminant dans le coup d’État du 18 Brumaire de son frère, mettant en place le Consulat. Il devient ministre de l’Intérieur en 1799, puis est envoyé à Madrid comme ambassadeur.

Suite à son remariage à une veuve sans relation, il se brouille avec son frère qui souhaite lui faire épouser la reine d’Étrurie et se retire en Italie, accueilli par le Pape Pie VII. Il se fixe sur la châtellenie pontificale de Canino, érigée pour l’occasion en principauté. Voulant fuir aux États-Unis, il est arrêté au cours de sa traversée par les Britanniques en 1810, emprisonné jusqu'en 1814 et exilé à Rome. Il se réconcilie avec son frère lorsque celui-ci rentre en France en 1815. Il reçoit alors tous les honneurs.
A la chute définitive de l’Empire, il retourne en Italie où il meurt en 1840.