Alexandre, son père, fut président de l’Assemblée Constituante, puis général de l’armée du Rhin. Eugène n’a que quatorze ans lorsqu'il meurt guillotiné. Quand sa mère Joséphine, également emprisonnée, est libérée, elle le place auprès de Hoche comme officier d’ordonnance.

En 1797 Eugène arrive à Milan pour servir d’aide de camp à son beau-père dont il suit dès lors avec enthousiasme l’ascension. Napoléon le fait, en 1805, vice roi d’Italie. En 1805 il se marie avec Auguste-Amélie, fille du nouveau roi de Bavière. Il est adopté par l’Empereur sous le nom d’Eugène Napoléon, à défaut d'héritiers directs.

A Milan, il fera de son mieux pour animer la vie de cour et pour encourager le mouvement artistique, jusqu’à ce que l’abdication de Fontainebleau et le soulèvement de Milan le contraigne à renoncer à la couronne d’Italie et à prendre la route de Munich. Vivant désormais en Bavière, sous la protection de son beau-père, il aide discrètement sa sœur Hortense. Prématurément vieilli par les circonstances de sa vie, le Prince Eugène mourut à Munich dans sa quarante-troisième année.